截至2020年2月9日日本確診病例為26例，再加上鑽石公主號郵輪的64例，共90例。日本政府為防範疫情擴大，採取之因應措施為：

(1)搭乘包機返日每人8萬日幣之機票費用及感染病患之治療費用由日本政府負擔。

(2)在世界衛生組織於1月30日宣布武漢肺炎為國際公共衛生緊急事件後，將武漢肺炎正式列為「指定感染症」的生效日期，由2月7日提前至2月1日，將據以採取強制患者住院及限制就業等措施，且在機場、港口發現疑似感染者，亦可實施檢查及診斷。

(3)宣布自2月1日起拒絕申請入境前14天內曾前往中國大陸湖北省的外國人及持有湖北省發行護照者入境，截至2月3日已有8人遭到拒絕入境。

(4)目前日本各地旅館均出現中國大陸觀光客陸續取消訂房狀況，日本JTB旅行社、阪急交通社等亦決定在2月中旬起停止出團前往中國大陸。全日空及JAL等航空公司因往來日本、中國大陸的機位取消率達3-4成，已決定減少飛機班次。

(5)TOYOTA等日本企業延後在中國大陸據點開工日期後，許多日商擔心零組件出現短缺，已積極尋求替代產品及產地。

參考來源：日本/台北駐日經濟文化代表處經濟組 (https://pse.is/PUP24)